Ця стаття містить список серій Clannad ~After Story~. Другий сезон транслювався у період з 3 жовтня 2008 року по 26 березня 2009 року Остання серія була випущена у якості вихідної відео анімації (OVA) на DVD.
 Серія 1
3 жовтня 2008 |
Прощання з літом |
| Літні канікули позаду, а у школі Томої почався другий семестр. Батько Наґіси, Акіо, пропонує зіграти у бейсбол проти команди сусідських хлопчаків, але для цього Томої потрібно набрати команду. Томоя набирає собі у команду Кьо і Котомі з драмгуртка, Йохея і його молодшу сестру — Мей, а також Томойо, Місае і Юске. На початку, команда Томої набирає перевагу над противниками, але все змінюється, коли Акіо отримує травму ноги від бейсбольної біти. Противники наздоганяють команду Томої за очками, але у підсумку, завдяки тому, що Томоя забиває RBI, гра закінчується перемогою команди Томої. | |
 Серія 2
10 жовтня 2008 |
У пошуках вигаданого кохання |
| Мей турбується за свого старшого брата, адже він ще навіть не знає чим буде займатися після закінчення школи, вона вирішує деякий час пожити у Наґіси. У Томої з'являється план, як змусити Мей думати, що у Йохея все добре. Він хоче, щоб Йохей деякий час «зустрічався з дівчиною», але, звичайно ж, ця дівчина не буде по справжньому у стосунках з Йохеєм, потрібно просто трохи підіграти. Йохей, Томоя і Наґіса шукають підходящого кандидата на роль «фальшивої» дівчини. Вони просять допомоги у Рьо, Томойо, Котомі і Юкіне, але всюди отримують відмову. Санае, почувши про проблему Йохея, вирішує допомогти йому. Йохей вважає, що Санае — старша сестра Наґіси. Коли Мей зустрічає «дівчину» свого брата, Санае прикидається ученицею з школи Томої. | |
 Серія 3
17 жовтня 2008 |
Серця в сум'ятті |
| Йохей і Санае йдуть на побачення, їх супроводжують Томоя, Наґіса і Мей. Мей все ще відчуває, що її брат безнадійний, незважаючи на спілкування з надійною дівчиною, вона продовжує хвилюватися за нього. Мей згадує, що її брат був набагато краще та й турбувався про неї у минулому. У спробі спровокувати його на необхідні дії, вона каже, що нібито зустрічається з хлопцем, якого любить. Пізніше, Томоя вирішує прикинутися, що він і є той хлопець. Незважаючи на шок Йохея, він ніяк не потурбувався за свою сестру. Мей не в змозі залишити все як є, тому вирішує затриматися на деякий час. | |
 Серія 4
24 жовтня 2008 |
З тією ж посмішкою |
| Йохей не відвідує школу, через що його друзі і Мей починають хвилюватися. Мей, Томоя і Наґіса йдуть у футбольний клуб і просять їх, щоб вони дали Йохею можливість заново грати у футбольній команді. Футбольна команда змушує їх виконувати свої доручення, і тоді, можливо, вони дадуть можливість Йохею знову приєднатися до футбольного клубу. Втім, свою обіцянку вони так і не виконали, а лідер команди вирішує познущатися над Мей. У момент, коли Томоя хотів заступитися за Мей, за нього це зробив раптово з'явившийся Йохей. Разом з Томоєю, вони затіяли бійку проти футбольної команди. Втім, у цих двох є претензії один до одного, так що після відходу футбольної команди, вони вирішують затіяти бійку між собою, причиною якої став «захист» Мей. Йохей визнає, що весь цей час турбувався за свою сестру, а коли у бій втручаються Мей і Наґіса, бійка закінчується. Пізніше, Томоя згадує, як вони зустрілися з Сунохарою. На наступний день, бачачи свої опухлі обличчя, вони сміються один з одного. | |
 Серія 5
31 жовтня 2008 |
Дні разом з тобою |
| Томоя і Наґіса приходять до Йохею, де витрачають час на розмови з Місае і Томойо, який прийшли трохи пізніше. Пізніше, коли Томоя і Наґіса розмовляють з Місае наодинці, Томоя починає засинати. Томоя бачить сон, в якому розповідається минуле Місае. Коли Місае вчилася в першому класі старшої школи, вона зустріла дивного хлопчика, який назвався Кацукі Шімою. Він каже, що прийшов до неї, щоб виконати її бажання, так як хоче віддячити їй за підтримку, коли він був в лікарні. Місае закохана в Іґараші, але у нього вже є дівчина. Іґараші просить Шіму, щоб він розповів про це Місае, так як сам він цього робити не хоче. Кацукі не може сказати їй це прямо, через що починає плакати. Місае бачить Іґараші зі своєю дівчиною і все розуміє, вона тікає, залишаючи Кацукі одного. | |